紅堿淖作為毛烏素沙漠與黃土高原的交匯濕地，是國家一級保護鳥類——遺鷗的重要繁殖與棲息地，也是眾多水鳥、候鳥遷徙途中的加油補給站。濕地內鳥類達到19目52科195種，其中國家重點保護鳥類11目15科42種，省級保護鳥類10種，維管植物224種，其中國家二級保護野生植物2種，省級保護植物3種。

紅堿淖管理局從2020年掛牌成立以來，嚴守劃定生態保護紅線，不斷加快自然濕地修復，逐步推進生態移民和問題點位整改，持續提升水質治理，加強濕地生態系統質量和功能，動植物棲息地環境得到顯著改善，濕地生物多樣性保育成效明顯。